Od vize školy, nabízet vzdělání pouze nadaným dětem ze sociálně znevýhodněného prostředí, směřujeme k vizi inkluzivní školy, která odpovídá na podněty všech dětí s citlivostí pro jejich odlišné vzdělávací potřeby a sociální zázemí. Snažíme se optimálním způsobem  rozvíjet  možnosti jak žáků nadaných, tak různým způsobem znevýhodněných, aby každý z nich objevil a naplno rozvinul svůj individuální potenciál. 

Posláním školy Nativity je poskytovat vzdělání dětem na druhém stupni základní školy, tj. od 6. do 9. třídy, které zvláště potřebují pro své učení menší kolektiv žáků a nadstandardní podporu ze strany učitelů. Škola Nativity je určena především dětem, jejichž potenciál k učení je silně ovlivňován příznivým sociálním klimatem a podporujícím vztahem ze strany učitelů.

KZŠ Nativity usiluje stavět svou vizi a poslání na základních křesťanských hodnotách, které se promítají do  jejích pedagogických zásad: 

1. Přistupovat ke každému žáku s ohledem na jeho osobnost a typ znevýhodnění
2. Vytvářet příznivé klima mezi učiteli a žáky
3. Posilovat zdravé sebevědomí žáků a učit je správné sebereflexi
4. Rozvíjet v žácích schopnost empatie
5. Učit žáky jednat s respektem ke každému člověku a s úctou k lidem, kteří si naši úctu zasluhují 
   
6. Předcházet sociálně patologickým jevům orientací žáků na pozitivní životní hodnoty.
7. Motivovat žáky k zájmu o studium a o další vzdělávání
8. Vzdělání orientovat na životní praxi
9. Vyžadovat pracovitost
10. Vyžadovat čestné a férové jednání